此前，奥巴马一直批评布什政府以阿富汗为代价发动了伊拉克战争，布什“过于关注”伊拉克，忽略了捉拿本-拉登的任务。赢得大选后，奥巴马的几名顾问和军方高级战略家一致认为：在布什政府意识形态和外交原则的约束下，美国在阿富汗的反恐努力受到限制；在阿富汗建立一个现代化的民主国家是不合实际的幻想，相比之下，一个拒绝同基地组织、极端分子联系，不威胁到美国利益的阿富汗政府则比较可行。参加此次讨论的多名专家都确认了这一消息，但是他们拒绝公开自己的名字。
奥巴马的一名顾问透露，奥巴马执政后会在基地组织和本-拉登身上投入更多的兵力和情报机构力量，可能向阿富汗增派几千名士兵。但是，布什政府高官曾经公开称，本-拉登个人的力量不足以构成威胁，即使没有本-拉登，散落在世界各地的基地组织网络才是更大的威胁。
当奥巴马开始制订自己的阿富汗战争策略时，美国军方高官也提醒他注意美国此前对阿富汗政府总统卡尔扎伊的承诺。卡尔扎伊想要在明年的总统竞选中获得连任，但是他的竞选前景并不乐观。欧盟和北约的部分官员因此提议，应该由阿富汗的部落首领选出阿富汗的新领导人，美国国务院则严正拒绝了这一提议。
《华盛顿邮报》称，大部分美军高级将领对奥巴马的阿富汗政策十分欣赏，因为奥巴马提倡发动规模更大、更有创造性的攻击。2008年，塔利班的袭击异常猛烈，今年美军在阿富汗的伤亡人数达到2001年开战以来的新高。
在伊拉克撤军问题上，奥巴马主张用16个月的时间完成从伊拉克撤军，这遭到了一些美军高级将领的反对。参谋长联席会议主席迈克尔-马伦认为，为伊拉克问题设立撤军时间表是“危险的”，此外，一些美军高级将领认为，奥巴马政府在伊拉克撤军问题上的表现就像“文盲”一样，丝毫不理解伊拉克局势的严峻性。
