提督之子常威垂涎秦小莲美色，迷奸事败后杀其夫家十三口，又收买证人，反诬告莲与家丁私通，莲屈打成招被判死刑。候补知县包龙星发现其中蹊跷，欲为莲翻案，夜潜现场验尸，反被诬陷毁尸灭迹。星逃狱后赴京告御状，中途几经波折，甚至于妓院偷生求存。适逢皇帝微服私访八大胡同，星为皇上摆脱窘境而得以翻身，终得三司会审为莲翻案。
影片评价
1.周星驰有的无厘头搞笑片只为博得观众一笑，并不强调十分严谨的逻辑关系，但《九品芝麻官》中搞笑情节的设置却是充满精妙的伏笔。
2.故事内容前后呼应，令全片爆笑场面环环相扣，层出不穷。看《九品芝麻官》，观众能感受得到导演对故事发展的整体把握能力，而周星驰张驰有度的表演则是这些情节必不可少的润滑剂
3.《九品芝麻官》拍摄于周星驰电影事业的鼎盛时期，与其后一些星爷刻意“玩深沉”的影片相比，本片更加能够体现周星驰“无厘头”电影的功力。
4.充满了看周星驰电影时，观众最原始的需求：欣赏用笑料堆砌的有内涵的电影。
5.包龙星妓院苦练嘴皮功和三司会审，把武打片的模式应用到练“嘴功”的过程中，偷艺、对着大海练功、吹蜡烛、舌战群鸡等，创造出令人目不暇的螃蟹鱼虾等海货“咸湿”语言的独特字幕。会审公演之上，星爷用来自民间的市井方式舌战群官。
